Μετά τη φάση της καταστολής που ήδη έχει περιγραφεί αρχίζει η πλέον εντατική φάση του Προγράμματος, αυτή της διέγερσης των ωοθηκών.
Οι ενέσεις αυτές περιέχουν τις ίδιες ορμόνες που παράγει φυσιολογικά η υπόφυση του εγκεφάλου προκειμένου να διεγερθούν οι ωοθήκες και να ξεκινήσει η ανάπτυξη του ωοθυλακίου, η ωρίμανση του ωαρίου και τελικά η ωορρηξία. Στην εξωσωματική χορηγούμε τις ορμόνες αυτές σε μεγαλύτερες δόσεις. Τα φάρμακα αυτά έχουν την ίδια περίπου αποτελεσματικότητα (βιοδραστικότητα) και δεν φαίνεται να υπερέχει κάποιο έναντι άλλου.
Επίσης, είναι απολύτως ασφαλή φάρμακα αφού η χρήση τους χρονολογείται από το 1960 μέχρι σήμερα, χωρίς οι διάφορες επιδημιολογικές μελέτες να τα συσχετίζουν με κίνδυνο καρκινογένεσης ή άλλες πιθανές παρενέργειες.
H ημέρα έναρξης των ενέσεων ονομάζεται και 1η ημέρα.
Στην διάρκεια της διέγερσης των ωοθηκών μπορεί να αισθάνεστε ήπιες ενοχλήσεις στο κατώτερο τμήμα της κοιλιακής χώρας που οφείλονται στην αύξηση του όγκου των ωοθηκών σαν αποτέλεσμα της ανταπόκρισής τους στη θεραπεία. Τόσο στην φάση της καταστολής όσο και στη φάση της διέγερσης των ωοθηκών δεν χρειάζεται να τροποποιήσετε καθόλου τους ρυθμούς και τον τρόπο της ζωής σας (π.χ εργασία, διατροφή, σεξουαλικές σχέσεις κ.τ.λ.).